เจดีย์ปะการัง โบราณสถานเก่าแก่ของเมืองขนอม เชื่อกันว่ามีอายุมากกว่า 1000 ปี ประดิษฐานอยู่บนยอดเขาธาตุ ในวัดจันทน์ธาตุทาราม เจดีย์เป็นรูปโอคว่ำ มีเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 5-6 เมตร สร้างขึ้นโดยนำหินปะการัง มาจัดสร้างเป็นเจดีย์ทั้งองค์ รอบๆเจดีย์ มีพระพุทธรูปแกะสลักด้วยหินทรายแดง แสดงให้เห็นว่าที่นี่เป็นแหล่งอารยธรรมทางด้านพุทธศาสนาสมัยหนึ่ง จากบนยอดเขาธาตุนี้ สามารถชมทิวทัศน์ของอ่าวท้องเนียนได้